El buen diseño de la estructura gubernamental resulta clave para eliminar o neutralizar los conflictos de intereses, crear mejores incentivos y posibilitar el imperio de la ley, de ahí su extrema importancia a la hora de combatir la corrupción. El entendimiento de qué comprende este concepto impacta en la gama de instrumentos disponibles para darle forma.

En América Latina, cuando se habla de estructura gubernamental, en general se hace referencia al conjunto de puestos, niveles de jerarquía, esferas de trabajo, objetivos públicos y sistemas de enlace horizontales y verticales que conforman los organismos del Estado. Cuando estos se comparan, por ejemplo, con los de las instituciones estadounidenses, son prácticamente idénticos.

Sin embargo, este razonamiento ignora que la estructura gubernamental también comprende el conjunto de instrumentos que estructuran lazos de interdependencias: estas determinan quién controla las oportunidades de empleo, el flujo de recursos y el suministro de rentas. Las dependencias mal creadas socavan la independencia de los agentes gubernamentales y, por ende, su libre albedrío e imparcialidad, desnaturalizando así los objetivos públicos y la división de poder. En este aspecto, las estructuras gubernamentales de América Latina y las estadounidenses son radicalmente diferentes.